29 апреля 1939 народным комиссаром ВМФ СССР был назначен 34-летний Николай Герасимович Кузнецов – он стал самым молодым наркомом в Союзе и первым моряком на этой должности. Опыт войны с Финляндией подтвердил правильность принимаемых наркомом мер по повышению боевой готовности. Получая выговоры и нарываясь на недовольство Сталина, Кузнецов все предвоенные годы продолжал готовить флот к войне. В 1940-1941 гг. была разработана и введена в действие система оперативных готовностей флотов и флотилий, целесообразность которой оправдалась в начале Великой Отечественной войны. Начался 1941 год, и первый приказ, вышедший из Наркомата ВМФ, требовал открывать огонь зенитных батарей при появлении иностранных самолетов над нашими базами. На Севере и Балтике их вовсю облетали немецкие самолеты-разведчики. В марте немецких разведчиков обстреляли над Лиепаей, Либавой и Полярным. За бдительность при охране границы нарком получил... выговор.
До начала войны оставались часы. В три часа ночи фашистская авиация совершила налеты на главную базу в Севастополе и на Измаил с целью заблокировать ЧФ, сбросила на входной фарватер базы и в Северной бухте электромагнитные мины. Ее встретил огонь зенитной артиллерии и кораблей Дунайской флотилии. Воздушным атакам подверглись также Лиепайская и Рижская военно-морские базы. Магнитные мины были сброшены с самолетов в районе Кронштадта. Бомбили и главную базу Северного флота – Полярный. Тогда, в три часа ночи 22 июня, доложив в Кремль о налете на Севастополь, адмирал Кузнецов, не дожидаясь указаний сверху, приказал всем флотам: "Немедленно начать постановку минных заграждений по плану прикрытия".
Вышедшие в море тральщики прикрыли минным кольцом наши базы, поставили минные банки на путях германских конвоев. Однако нападение фашистской Германии не застало ВМФ врасплох. ВМФ противопоставил внезапности нападения высокую степень боевой готовности, 22 июня 1941 года мы не потеряли ни одного корабля, ни одного самолета авиации ВМФ. Все налеты на базы флота были отражены огнем корабельной и береговой артиллерии.
В оперативной и тактической подготовке Военно-Морского Флота были и некоторые недостатки. Так, например, наблюдалось повышенное внимание к отработке боя в море за счет подготовки к совместным действиям с армией; отсюда относительно мало внимания уделялось артиллерийским стрельбам по береговым целям. Совершенно недостаточно велась подготовка к противолодочной и несколько упрощенно – к противоминной обороне. По предвоенным планам на флот возлагались задачи обороны своего побережья от нападения противника с моря и отражения высадки десантов, борьба на морских коммуникациях и уничтожение сил противника в море и военно-морских базах и портах. Основными объектами уничтожения считались крупные надводные корабли, против которых предполагалось действовать силами надводных кораблей, подводных лодок, авиации, а на минно-артиллерийских позициях еще и с использованием мин и артиллерии. То есть все было нацелено на борьбу с противником на морском направлении. Однако война уже в первые дни внесла свои коррективы в эти планы. Гитлеровское командование настолько уповало на свою военную мощь, что предполагало справиться с Советским флотом силами сухопутных войск и авиации, в кратчайшие сроки захватив наши военно-морские базы. Об этом прямо говорилось в плане «Барбаросса».
Таким образом, главным противником нашего флота с началом войны стал не морской, а воздушный и сухопутный. За годы войны до 85% боезапаса корабельной артиллерии было израсходовано по береговым целям и до 40% самолето-вылетов морской авиации было произведено для нанесения ударов по сухопутным войскам. Главным в боевой деятельности флота стало содействие приморскому флангу сухопутных войск в обороне и наступлении. Вторая по значимости группа задач – нарушение морских коммуникаций противника, защита своих коммуникаций, уничтожение сил противника в море, нанесение ударов по объектам на его побережье и территории. Решая эти задачи, Военно-Морской Флот провел 88 операций, из них 23 раза привлекался к участию в армейских и фронтовых операциях. Судьба Второй мировой и Великой Отечественной войн решалась на сухопутном фронте, поэтому планы флота и его действия подчинялись зачастую интересам группировок сухопутных войск на приморских направлениях. В годы войны Военно-Морской Флот направил на сухопутные фронты свыше 400 тыс. человек. Сформированные из моряков подразделения отличались высокими боевыми качествами и использовались там, где были необходимы или особая стойкость в обороне, или наступательный прорыв.
К началу Великой Отечественной войны корабельный состав ВМФ СССР насчитывал 3 линейных корабля, 7 крейсеров, 59 лидеров и эскадренных миноносцев, 218 подводных лодок, 269 торпедных катеров, 22 сторожевых корабля, 88 тральщиков, 77 охотников за подводными лодками и ряд других кораблей и катеров, а также вспомогательных судов. В постройке находилось 219 кораблей, в том числе 3 линейных корабля, 2 тяжелых и 7 легких крейсера, 45 эсминцев, 91 подводная лодка. По боевым и эксплуатационным качествам построенные отечественные надводные корабли были на уровне аналогичных кораблей иностранных флотов. Они обладали достаточными скоростями, надлежащей защитой, высокой живучестью и непотопляемостью.
Характер стратегического использования и задачи Военно-Морского Флота СССР во время Великой Отечественной войны определялись политическими и стратегическими целями, стоявшими перед Советскими Вооруженными Силами. Обстановка, сложившаяся с началом войны, и дальнейшее развитие боевых событий сразу же выдвинули на первый план непосредственное содействие флота войскам Советской Армии и оборону с воздуха и с суши своих военно-морских баз, оказавшихся под угрозой ударов врага. Непосредственное содействие войскам Советской Армии оставалось одной из важнейших задач Военно-Морского Флота в ходе всей войны. Вместе с тем в течение всей войны в стратегическом использовании Военно-Морского Флота продолжали сохранять важное значение морские коммуникации, озерные и речные пути сообщений, а следовательно, и задачи борьбы с противником на них и обеспечения их безопасности.
Ход боевых действий на протяжении Великой Отечественной войны показал, что Военно-Морской Флот СССР справился со всем комплексом своих задач. Он успешно содействовал войскам Советской Армии в проведении операций на приморских направлениях и осуществлял самостоятельные операции и систематические боевые действия по нарушению морских коммуникаций противника и защите своих коммуникаций. Достаточно сказать, что в течение войны советский флот обеспечил перевозку по морским, озерным и речным коммуникациям 9,8 млн. человек (войск и гражданского населения), более 94 млн. т воинских и народнохозяйственных грузов и уничтожил свыше 1600 боевых кораблей и судов противника.